先看下袁崇焕杀毛文龙时两人的官职。
袁崇焕在天启帝死后得以重新启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。新皇帝朱由检在大学士刘鸿训等人的建议下收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给了袁崇焕，并加封袁崇焕为太子太保。
兵部尚书在明代是二品官，太子太保是荣誉虚衔，从一品。
再看毛文龙。
毛文龙自天启元年八月副总兵，天启二年六月署都督佥事平辽总兵官，天启四年十一月左都督。
明五军都督府分中、左、右、前、后五军佥事，统辖全国各卫所。左右都督正一品，同知从一品，佥事正二品，位高责重。后各卫仅存虚名，都督也成为虚衔。
按照品级来看，两人差别不大。毛虽是武职正一品，但袁是督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。
袁杀毛。关键是那把尚方宝剑。明代的“尚方剑”象征至高无上的皇权，持剑者必是皇帝最倚重信任的心腹大臣或巡按御史，具有先斩后奏、生杀予夺的超常规权力。刘基曾讲：“先封尚方剑，按法诛奸赃。”可见，持有尚方宝剑的人有先斩后奏、临机处置的特权。
明代赐尚方剑曾经有一项重大的仪式叫“代行授钺礼”。皇帝戎服盛装端坐奉天殿。大将军由西入殿，叩头四拜。承制官宣旨，“以节钺授大将军”。明后期，大将代皇帝出征，必须带有“剑（尚方宝剑）、敕（特许敕令）和印（兵符）”三件宝器，才能构成督师代表皇权的象征。
据记载：崇祯二年（1629 年）六月初五，袁崇焕经过周密部署抓获毛文龙，并历数毛专恣无戒、为臣不道、侵吞钱粮、好色诲淫、草菅人命、掩败为功等十二条罪状，毛文龙神丧气夺，口不能言，惟叩头求生。
袁崇焕厉声说：“尔不知国法久了，若不杀尔，东江一块土，非皇上有也！”说完命将毛文龙拿下。然后问东江各官兵道：“文龙罪状明否？”各官和众兵唯唯无辞。但毛文龙账下几个心腹，称其数年劳苦，为其求情。
袁厉声宣谕道：“文龙一匹夫耳，以海外之故，官至都督，满门封荫，何得籍朝廷之宠灵，期瞒朝廷，无法无天！皇上赐尚方剑，正为此也！”众官惊惧，不敢仰视。围外的兵丁，见袁崇焕威仪严整，不敢冒犯。
而后，袁督师叩头请旨道：“臣今诛文龙，以肃军政。镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。”袁督师宣谕完之后，立即取下尚方剑，令水营都司赵不忮、何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑，斩毛文龙于帐前。
